Totalt 3 000 kunder vid olika matbutiker i olika delar av staten blev slumpmässigt testade, och 21 procent i staden och 14 procent i staten bar på antikroppar, enligt guvernör Andrew Cuomo.
Om resultaten skulle vara generella innebär det att ungefär 1,7 miljoner invånare i staden och 2,6 miljoner i staten redan har viruset.
Det ligger långt över de 263 460 som hittills bekräftats smittade i delstaten, där över 15 500 dödsoffer krävts.
Att få en uppfattning av den eventuella immuniteten i befolkningen i stort ska ligga till grund för bedömningen av när restriktionerna kan lättas.
– Jag anser att det är viktigt för alla delstater att först få en basstudie av var du befinner dig i infektionsfasen, säger Cuomo.