Det andra hålet finns ett 20-tal meter längre akterut från det hål som avslöjades i en dokumentär förra året. Det filmades under Haverikommissionens dykningar i somras. Filmen är sekretessbelagd, men Ekot har tagit del av den.
Olle Rutgersson, professor emeritus i skeppsteknik, konstaterar att det ser ut som en skåra.
– Skrovet öppnar ju upp sig precis som en konservburk. Så det kommer ju in väldigt mycket vatten vid en sån skada, säger han till radion.
Rutgersson drar inga slutsatser om skadan uppkom före eller efter att fartyget sjönk.
På måndagen visade en film på det första kända hålet på Estonia hur bitar av stålkonstruktionen ser ut att ha slitits upp inifrån.
Haverikommissionen kan ännu inte säga något om vad orsaken till skadorna på fartyget är.
Det har tidigare spekulerats i huruvida hålen uppkommit när fartyget slog i botten.
Haverikommissionen räknar med att publicera filmmaterialet i sin helhet under nästa vecka, men först måste det bearbetas för att inte visa mänskliga kvarlevor.