Sedan sent på natten mellan onsdagen och torsdagen har den fjärrstyrda undervattensfarkosten, ROV, varit nere flerta gånger.
Farkosten, som är utrustad med ett slags borr som kan borra ut kärnor från hårda material, används för att kunna ta prover nära vraket.
På torsdagseftermiddagen har utredarna lyckats få upp en borrkärna från den plats Haverikommissionen pekat ut. Stockholms universitet bedömer att det är det berg som löper under Estonia.
Jonas Bäckstrand vid Statens haverikommission säger till TT:s utsända fotograf att det handlar om granit, eller någon form av hård bergart.
Provet ska till Stockholms universitet för analys där de ska kontrollera vilken typ av material eller bergart det är.
Arbetet fortsätter nu med att utredarna ska försöka ta prov på de mörka fläckar som finns nära håll i skrovet. Det antas vara bakterietillväxt, men det har spekulerats om att det är spår av sprängningar.
Estonia förliste 1994. Statens haverikommission, tillsammans med motsvarande myndigheter från Estland och Finland, ska försöka räta ut frågetecken kring olyckan. Fjärrstyrda undervattensrobotar ska fota insidan av bildäck och bilrampen kommer att bärgas och transporteras till Estland för ytterligare undersökningar.