Enligt rapporten som drogs tillbaka på onsdagen, och som presenterades dagen före, skulle det finnas tusen gånger fler covidsmittade personer än det antal som har bekräftats vara smittade, vilket ger helt orimliga resultat.
"Tyvärr upptäcktes detta för sent och vi jobbar därför med en ny version av modellering och rapport", skriver Folkhälsomyndighetens analyschef Lisa Brouwers i ett mejl till Dagens ETC.
Enligt statsepidemiolog Anders Tegnell är felet främst av teknisk karaktär och inte så allvarligt att rapportens slutsats påverkas mer än marginellt.
Toppen för smittspridningen i Stockholm kommer sannolikt att visa sig ha ägt rum omkring den 15 april, och i mitten av maj förväntas en tredjedel av Stockholms befolkning ha varit smittad, säger han under onsdagens pressträff.
Folkhälsomyndigheten går nu igenom all data i rapporten.
– Vi återkommer i morgon, när vi har lusläst det här en gång till, säger han.
Rapporten har ännu inte legat till grund för några beslut, enligt Anders Tegnell.
– Den var tänkt som ett beslutsunderlag på sikt, och nu rättar vi till den så att den blir korrekt och då kommer den att vara ett bra beslutsunderlag, framför allt framåt när vi tänker på vad vi kan lätta på i samhället.
Om felet skadat förtroendet för Folkhälsomyndigheten är oklart, enligt Tegnell.
– Jag hoppas verkligen inte det, med god hjälp utifrån upptäckte vi felet väldigt snabbt och kan korrigera det. Och de grundläggande bedömningarna, som modellen är till för, ligger kvar, säger han.