Av 180 intagna uppges 89 vara smittade med covid-19 vid fängelset i staden Leticia. Dessutom ska en person ur personalen vara smittad.
Fängelset ligger nära gränsen till Peru och Brasilien, i provinsen Amazonas med omkring 66 000 invånare. Totalt uppges nära 750 personer ha bekräftats smittade i den glesbefolkade provinsen.
Enligt president Iván Duque ska särskilda åtgärder vidtas för att kontrollera situationen vid fängelset. Man ska även öka den militära närvaron vid gränserna i Amazonas för att förhindra att smitta kommer in i landet, samt förse provinsen med extra medicinskt material och personal.
Utbrottet vid Leticia-fängelset är det andra stora i ett colombianskt fängelse. Totalt sitter över 121 000 personer bakom lås och bom i landets 132 fängelser.
På andra sidan gränsen har den brasilianska delstaten med samma namn drabbats hårt av pandemin. Brasilianska delstaten Amazonas huvudstad Manaus, med 2 miljoner invånare, har särskilt drabbats och man har behövt hålla massbegravningar för att hinna med det stigande antalet dödsfall.
Colombia, med en befolkning på omkring 50 miljoner, har rapporterat cirka 12 300 virusfall och minst 490 dödsfall kopplade till covid-19.
FN varnade tidigare i veckan för att levnadsvillkoren i fängelser i Latinamerika och USA är oroande vad gäller spridningen av coronaviruset.