I brevet, vars innehåll läckt ut, beskriver han en dyster situation på fartyget och begär att de över 4 000 i besättningen evakueras och sätts i karantän.
Med hänvisning till att han överdrivit situationen, skött kommunikationen dåligt och visat dåligt omdöme tas han bort från tjänsten.
– Han såg inte till att säkerställa att det (brevet) inte kunde läcka ut och det är en del av hans plikter, säger Thomas Modly, tillförordnad chef för den amerikanska flottan.
114 av de drygt 4 000 ombord fartyget, som ligger för ankar vid Guam, har konstaterats smittade av coronaviruset.
Beslutet att straffa Crozier kritiseras från demokratiskt håll.
"Donald Trumps tillförordnade marinchef skjuter budbäraren – en kommendör som var trogen både sitt uppdrag att värna den nationella säkerheten och sin plikt att värna sin besättning", skriver presidentaspiranten Joe Biden i en kommentar efter citatet.
USS Theodore Roosevelt befann sig ute på Stilla havet när det första fallet av coronaviruset rapporterades från fartyget för en vecka sedan. Sedan dess har fartyget lagt till vid en flottbas vid Guam. De flesta har nu fått gå av och placerats i bostäder på land medan fartyget saneras.