Problemet har uppstått även inom sjukvården i Blekinge och Halland som använder sig av samma laboratorium för att få proverna analyserade.
Blekinge har nu tio dagar efter avtalet skrevs under beslutat att anlita ett annat laboratorium, skriver SVT Blekinge.
"Det kan finnas flera olika felkällor till detta. Vi ser över hela kedjan från provtagningsinstruktion till analys tillsammans med de aktörer som är involverade i tjänsten", säger Mattias Waldeck, biträdande smittskyddsläkare i Region Skåne enligt ett pressmeddelande.
Att testerna utförts felaktigt hemma av personerna kan inte vara hela förklaringen.
– Vi är inte först med det här utan metoden har tillämpats i andra regioner, och andelen som inte går att bedöma ska inte vara så hög. Det här är oacceptabelt, förklarar han vidare för Sydsvenskan.
Laboratoriet, vars verksamhet upphandlats av Folkhälsomyndigheten, är medvetet om problemet och försöker att identifiera och lösa detta.
De självtest som kommit tillbaka negativa eller positiva har däremot en hög säkerhet och går att lita på, enligt Waldeck.
Laboratoriet har hittills levererat nästan 4 000 bedömbara provsvar, vilket har lättat trycket på Region Skånes egen provtagningskapacitet.