Kuststaden Mombasa samt distrikten Kilifi och Kwale omfattas också av karantänsreglerna, som ska gälla i tre veckor.
De nya föreskrifterna förbjuder flyg, tåg och vägtrafik till och från områdena.
– Transport av livsmedel och andra varor kommer att fortgå som normalt under den utlysta isoleringsperioden, säger Kenyatta.
Kenya har tidigare infört utegångsförbud mellan klockan 19.00 och 5.00 för att begränsa smittan.
Omkring 160 bekräftade fall av smittan har registrerats i Kenya, de flesta i huvudstaden. Sex människor har avlidit i sviterna av covid-19 i landet.