"Om vi slutar med det nu skulle vi förlora allt som vi har vunnit", skriver Arvind Kejriwal.
Karantänen har pågått i tre veckor och skulle upphöra på tisdag men förlängs nu med två veckor.
Modi har varit under hård press om att förlänga nedstängningen av landet för att minska risken för smittspridning i Indien, där miljoner lever i slumområden och där sjukvården redan är överbelastad.
Samtidigt har de hårda restriktionerna gjort att miljontals fattiga förlorat sina arbeten och migrantarbetare har tvingats lämna städerna och sökt sig till byar.
Hittills har 240 personer dött och 7 500 bekräftats smittade av coronaviruset.