Wallberg, tidigare bland annat rektor för Karolinska institutet, utsågs för att undanröja flaskhalsar och hjälpa regioner och kommuner att börja testa fler personer.
Enligt socialminister Lena Hallengrens (S) pressekreterare Jasmina Sofic var Wallberg anställd på regeringskansliet och lånades under stora delar av maj ut till Folkhälsomyndigheten.
Men den 31 maj löpte anställningen ut och Wallberg har därför återgått till sin tjänst på Karolinska institutet.
"Vi tar med oss hennes rekommendationer och arbete in i det fortsatta jobbet med att utveckla teststrategin. Bland annat tack vare Harriet Wallbergs arbete går vi nu in i en ny inriktning för testningen", skriver Sofic i ett sms till Dagens Nyheter.