Tyska myndigheter uppger att maskerna senast sågs på en flygplats i Kenya.
Trots att ansiktsmaskerna tillverkades av en inhemsk leverantör så transporterades de av okänd anledning via den kenyanska flygplatsen där de sedan försvann.
– Myndigheterna jobbar just nu med att lista ut vad som hänt, säger en talesman för det tyska försvarsdepartementet.
Ansiktsmaskerna var av FFP2-klass och är därmed en av få modeller som klarar av att filtrera bort upp till 90 procent av partiklarna i luften.
Den tyska tidningen Spiegel Online uppger att leveransen har ett samlat av värde av över 200 miljoner euro, motsvarande över två miljarder svenska kronor.
Tyskland har hittills rapporterat över 27 000 fall av covid-19 och mer än 100 personer har dött till följd av smittan.