– Det finns en risk att virusets attack mot vårt land nästa vinter faktiskt blir ännu svårare än den vi precis har gått igenom, säger Robert Redfield i en intervju med Washington Post.
I takt med att det nuvarande utbrottet klingar av så kan myndigheter tvingas förbereda sig på ett nytt utbrott senare i år.
– Vi kommer att ha en influensaepidemi och en coronaepidemi samtidigt, säger han, och tillägger att kombinationen kan komma att anstränga vårdsystemet ännu mer än det nuvarande utbrottet.
Det nya coronaviruset uppstod i Kina i slutet av förra året, och har sedan dess spridits över jorden.
Hittills har fler än 800 000 personer bekräftats smittade av det nya coronaviruset i USA, och fler än 45 000 har avlidit i sviterna av det.
Redfield uppmanar folk att fortsätta att hålla avstånd till andra, även om en del restriktioner börjar lätta.