Staden är den i landet som drabbats hårdast av viruset och på sociala medier har bilder på övergivna kroppar cirkulerat.
– Vi har sett bilder på något som aldrig borde ha hänt och som er offentlige tjänsteman ber jag om ursäkt, säger Sonnenholzner, som fått i uppdrag att leda kampen mot viruset.
Anhöriga till människor som har avlidit har vädjat till myndigheterna om hjälp med att ta hand om kvarlevorna, då det råder utegångsförbud i landet 15 timmar om dygnet och stadens borgmästare Cynthia Viteri beskrev situationen som helvetisk.
– Det ligger lik i hemmen, på trottoarerna, i gathörnen. Bårhusen är överbelastade av alla dödsoffer, sade Cynthia Viteri, enligt nyhetsbyrån Efe.
Hur många av dödsoffren på gatorna som drabbats av corona är ännu oklart. Ecuador har ännu bara drygt 170 bekräftade dödsfall.