Han kommenterar det amerikanska beskedet i ett laddat anförande i Genève på onsdagen.
– Vi beklagar USA:s presidents beslut att beordra ett stopp för finansieringen av Världshälsoorganisationen.
USA är den största finansiären av WHO, i fjol stod landet för omkring 15 procent av organisationens budget med över 400 miljoner dollar i stöd.
Trumps beslut att frysa stödet till WHO har under dagen mötts av massiv kritik.
"Vid frontlinjen"
"Världshälsoorganisationen, och dess tusentals anställda, befinner sig vid frontlinjen", säger FN:s generalsekreterare António Guterres i ett uttalande där han passionerat försvarar det FN-organ som Trump angriper.
WHO är ett "absolut nödvändigt" verktyg för att vinna den globala kampen mot coronaviruset, tillägger Guterres. När "kriget" är över är det läge att utvärdera insatserna.
"Men nu är det tid för enighet, för det internationella samfundet att arbeta tillsammans", säger FN-chefen.
USA största givaren
Reaktionerna kommer sedan Trump gått till frontalangrepp mot WHO under sin dagliga coronapresskonferens. Enligt presidenten så bidrog organisationens motstånd till reserestriktioner gentemot Kina till att epidemin fick spridning.
– Sanningen är att WHO misslyckades med att samla in, utvärdera och dela information i god tid på ett transparent sätt, sade Trump.
USA:s bidrag till WHO ska hållas inne medan landet genomför en granskning av organisationens hantering av pandemin. Enligt Trump hade utbrottet kunnat begränsas till "väldigt få döda" om WHO gjort rätt bedömningar när coronaviruset först identifierades i kinesiska Wuhan.
Kompakt kritik
Kritikstormen lät inte vänta på sig.
"Det finns inget som kan berättiga det här beskedet", skriver EU:s utrikeschef Josep Borrell på Twitter.
"Att skylla på andra kommer inte att hjälpa. Viruset erkänner inga gränser", twittrar tyske utrikesministern Heiko Maas.
Även Kina riktar kritik mot det Trumps beslut.
– Vi uppmanar USA att fullfölja sina åtaganden och skyldigheter, säger utrikesdepartementets talesperson Zhao Lijian.
Motstånd på hemmaplan
Patrice Harris, ordförande för USA:s största läkarorganisation AMA, kallar beslutet "ett farligt steg i fel riktning".
På hemmaplan har Trump kritiserats för att inledningsvis inte ha tagit pandemin på allvar. Attacken mot WHO ses av vissa som en del som ett sätt att avleda denna kritik.
– För varje dag av den här eskalerande krisen så blir presidentens politiska spelplan tydigare: Skyll på WHO, skyll på Kina, skyll på politiska motståndare, säger Eliot Engel, Demokratiska partiets ordförande för representanthusets utrikesutskott.