Kartläggningen visar att sjukdomar och tillstånd som diabetes, kol, fetma och sämre munhälsa är betydligt vanligare i den kartlagda gruppen än den övriga befolkningen.
Den visar också att personer med psykisk funktionsnedsättning löper "betydligt större risk" att utsättas för övergrepp.
"I åldersgruppen 18–24 år är det hela tio gånger vanligare för kvinnor att bli utsatta för någon form av övergrepp och fem gånger vanligare för män än för befolkningen i övrigt", säger Peter Salmi, projektledare på Socialstyrelsen, i ett pressmeddelande.
Gruppen har också svårigheter med att få rätt vård och ett korrekt bemötande av sjukvård och socialtjänst. Det är till exempel sju gånger vanligare bland personer med psykiska funktionsnedsättningar att bröstcancer upptäcks när den redan har hunnit spridas än i den övriga befolkningen.
"På grund av sitt psykiska mående kan dessa personer sakna motivation att söka vård och även ha begränsad förståelse om sitt eget behov av vård", säger Peter Salmi.