"Islamiska republiken Iran har i protest mot uttalandet och den olagliga domen som utfärdats i Sverige mot Hamid Noury... beslutat att återkalla sin ambassadör i Sverige för konsultationer", säger det iranska utrikesdepartementets talesperson Nasser Kanani i ett uttalande.
Domen "baseras på grundlösa, förvrängda och påhittade anklagelser", tillägger han.
UD:s presstjänst konstaterar i ett mejl till TT att man fått besked om hemkallandet.
"Iran har angett att det beror på domen i Nourimålet. Det är sedan tidigare känt att Iran är missnöjd med rättegången och domen mot Nouri. Från svensk sida konstaterar vi att det svenska rättsväsendet arbetar självständigt", skriver presstjänsten.
Den nu 61-årige Hamid Noury dömdes till livstids fängelse och utvisning för grovt brott mot folkrätten och mord, i samband med avrättningarna av politiska fångar i Iran sommaren 1988.
Bara timmar efter att domen fallit skrev det iranska utrikesdepartementet i ett uttalande att det "kraftigt fördömer detta politiska ställningstagande, som består av ogrundade och fabricerade anklagelser mot Iran och dess rättssystem".