Drygt hälften av dessa är nigerianer som korsade gränsen till grannlandet Niger, medan resterande är nigerier som gått i internflykt.
"Pågående våld i delar av nordvästra Nigeria tvingade uppskattningsvis 23 000 människor att söka skydd i Niger förra månaden", skriver UNHCR i ett uttalande.
"Av rädsla för och på flykt från samma oro i gränsområdena har 19 000 nigeriska medborgare blivit flyktingar i sitt eget land."
Enligt FN-organet är våldet koncentrerat till den nigerianska delstaten Sokoto där flera byar har utsatts för "skoningslösa attacker av beväpnade män".
UNHCR rapporterar att våldet inte har koppling till de jihadistiska grupper som verkar i den närliggande Sahelregionen. I stället uppges det handla om konflikter mellan "jordbrukare och boskapsskötare av olika etniska grupper".