Den mellanstatliga organisationen, där bland annat Sverige är medlem, får priset för sitt arbete för den biologiska mångfalden.
"Tack vare deras arbete är dessa frågor äntligen i fokus, och därför känns det fantastiskt att presentera dem som årets vinnare", säger juryordföranden Emma Dalväg i ett pressmeddelande.
En miljon arter hotas av utrotning inom några årtionden, enligt den senaste rapporten från IPBES.
Enligt forskarpanelens generalsekreterare Anne Larigauderie är priset "ytterligare en bekräftelse på att vetenskaplig expertis och konkreta bevis måste vara kärnan i de beslut vi fattar i dag, om vår gemensamma framtid".
Priset, Win win Gothenburg sustainability award, delas ut i oktober och är på en miljon kronor. Det delas ut av bland andra Göteborgs stad och Västra Götalandsregionen.