Erdogan gör en direkt koppling mellan säkerhetsläget "på gatorna" i Sverige och Turkiets godkännande av Natomedlemskapet.
– Om attackerna på våra helgedomar fortsätter – då beklagar vi, säger Erdogan enligt statliga Anatolia.
– Vi vet inte hur lång tid den här frågan kommer att diskuteras i parlamentet.
Sveriges statsminister Ulf Kristersson (M) och den turkiske presidenten skakade hand under Natos toppmöte i Vilnius i juli. Då sade Kristersson att Turkiet skulle ratificera den svenska ansökan "så snart som möjligt".
Slutligt besked
Erdogan lovade ett slutgiltigt turkiskt beslut när landets parlament öppnar igen, vilket sker i oktober.
– Jag är inte särskilt bekymrad över detta. De har sommarstängt just nu. Jag är övertygad om att vårt handslag från Vilniusmötet gäller och det är också våra vänner i USA och i Nato, sade Kristersson i SVT:s Agenda i söndags.
– Jag står fast vid att det här kommer att fungera, men det är som vi alltid har sagt: Det är Turkiet som har taktpinnen för turkiska parlamentsbeslut.
"Värsta farhågor"
Paul Levin, föreståndare för Institutet för Turkietstudier vid Stockholms universitet, tror att den svenska regeringen har anledning att känna oro.
– Jag misstänker att det som har varit regeringens värsta farhågor besannas. Nämligen att den överenskommelse man trodde att man slöt i Vilnius inte egentligen betyder så mycket utan att det nu är väldigt osäkert när och kanske till och med om det turkiska parlamentet kommer att godkänna ratificeringen, säger han till TT.
– Erdogans handslag i Vilnius var nog något annat än vad jag tror att Jens Stoltenberg och den svenska regeringen hade hoppats på att det var.
Levin menar att Erdogans kommentar borde bekymra Kristersson.
– Erdogan säger med det här att han inte kan påverka sina allianspartner och andra individer i parlamentet.
Han tror att Erdogans utspel även kommer att irritera USA.
– Jag tror att man även där hoppas och trodde att man hade en överenskommelse. Att Erdogan nu återigen vajar är ett stort bekymmer för Washington och jag tror att man kommer att markera hårt mot Turkiet och Erdogan i den här frågan.