På en presskonferens under onsdagen sade Milanovic, som är mitt uppe i en dispyt med landets premiärminister Andrej Plenkovic, att Kroatien borde följa Turkiets exempel och säga nej till ansökan för att få igenom politiska förändringar.
Mer exakt vill han ändra på vallagarna i grannlandet Bosnien och Hercegovina, för att bosnienkroater lättare ska kunna väljas till ledande positioner.
Det är dock inte presidenten som avgör frågan. Den kroatiska regeringen har uttalat sitt stöd för ett svenskt och finländskt medlemskap.
"Jag välkomnar ansökningarna av Finland och Sverige för Natomedlemskap. De är våra nära partners, delar våra värderingar och deras anslutning kommer att bidra till vår allians", twittrar Kroatiens utrikesminister Gordan Grlić Radman.
Turkiets president Recep Tayyip Erdogan har tidigare sagt att han inte kommer att rösta för ett svenskt medlemskap i Nato, och under onsdagen återupprepade han, bland annat, anklagelser om att Sverige skyddar medlemmar av terrorstämplade kurdiska PKK.
Turkiet och Kroatien är båda medlemmar i Nato, och samtliga medlemsländers parlament måste godkänna en utvidgning av militäralliansen.