Orbáns ord uttalades under Qatar Economic Forum under tisdagen, enligt nyhetsbyrån Reuters.
Ungern ratificerade Finlands inträde i försvarsalliansen i mars, men dröjer ännu som Turkiet med att fatta beslut om Sveriges ansökan.
– Vi vill inte importera konflikter till Nato, sade den ungerske premiärministern.
"Så fort som möjligt"
Natos generalsekreterare Jens Stoltenberg kommenterar Orbáns utspel i diplomatiska ordalag och upprepar förhoppningen om att Sveriges ansökan ska godkännas.
– Jag rekommenderar att Sveriges Natoansökan ratificeras av alla medlemsländer, säger Stoltenberg till svenska och danska journalister på plats vid EU-ländernas försvarsministermöte i Bryssel.
Stoltenberg ser fortsatt hoppfullt på den svenska vägen till Nato.
– Jag är helt trygg på att Sverige kommer att bli medlem av Nato. Jag kommer att jobba så hårt jag kan för att det ska ske så fort som möjligt, säger Stoltenberg.
Generalsekreteraren pekar på tre saker inom kort tid som kan förändra läget: att det turkiska valet snart är över, att svenska nya antiterrorlagar träder i kraft från den 1 juni och att Natos kommande toppmöte i Vilnius ger möjlighet för ledarna att mötas öga mot öga.
– Det är ingen garanti, men det är en möjlighet, säger Stoltenberg i Bryssel.
Fungerar militärt
Sveriges försvarsminister Pål Jonson (M) vill inte recensera Orbáns uttalanden om dåliga relationer.
– Men jag kan konstatera att på det militära området har vi ett bra samarbete med Ungern och det har att göra med att vi båda två opererar Gripen. Så i det avseendet tycker jag att det fungerar väl, säger Jonson efter EU-mötet i Bryssel.
Bland övriga Natoländer tycker han sig känna växande stöd för ett snabbt svenskt inträde.
– Vi är ändå hoppfulla om att vi ska kunna bli fullvärdiga medlemmar till Natos toppmöte i Vilnius (den 11–12 juli). Men sedan är det naturligtvis bara Ungern som kan fatta ungerska beslut, säger försvarsministern.