Uttalandet sker efter att utrikesminister Peter Szijjarto haft samtal med sin turkiske motsvarighet Mevlüt Cavusoglu i Ungerns huvudstad Budapest.
Szijjarto säger att koranbränningen utanför den turkiska ambassaden i Stockholm var "oacceptabel".
– Som kristen och som katolik måste jag säga att brännandet av en helig bok från en annan religion är en oacceptabel handling, säger han.
Koranbränningen har ökat spänningarna mellan Turkiet och Sverige och lett till att samtalen om den svenska Natoansökan satts på paus.
Tas upp i februari
Szijjarto kritiserar även statsminister Ulf Kristerssons (M) uttalande om att koranbränningen faller under den svenska yttrandefriheten.
– Att påstå detta är bara dumhet, säger Szijjarto och tillägger att Sverige "kanske borde agera annorlunda" om landet vill säkra Ankaras stöd.
Sverige och Finland väntar fortfarande på att Ungern och Turkiet ska godkänna de båda ländernas medlemskap.
Enligt den ungerske utrikesministern kommer frågan att finnas på det ungerska parlamentets dagordning under årets första session i februari.
Turkiet: Omöjligt
Ungerns ståndpunkt är att släppa in de båda länderna i Nato, uppger Szijjarto. Men han säger också att man inte kommer att försöka påverka Turkiet på något sätt.
Cavusoglu uppger att Turkiet delar Ungerns önskan om utvidgning av Nato, men att det nu är "omöjligt" för Turkiet att godkänna Sveriges Natoansökan.
Ankara är utöver koranbränningen också missnöjt med Sveriges arbete mot terrorism och kurdiska grupper som PKK.