Personen hittades i vattnet av dykare efter flera timmars sökande med sonar.
En andra person som befann sig i flygplanet hittades tidigare och fördes till sjukhus kraftigt nedkyld.
Flygplanet väntas bärgas under onsdagen, men vad det var som hände planet är ännu oklart.
– Det har inte varit en kontrollerad landning. Planet ligger upp och ned, sade Thomas Hansson, inre befäl vid Medelpads räddningstjänst, till TT på tisdagen.