Skalvet uppmättes till magnituden 5,3, och hade sitt centrum på tio kilometers djup. Många byggnader har skadats och spiran på stadens berömda katedral har brutits av.
En 15-årig pojke som träffats av takdelar från en kollapsande byggnad befinner sig i kritiskt tillstånd och vårdas på sjukhus.
Många Zagrebbor gav sig ut på gatorna efter skalvet, men uppmanas av myndigheter att inte samlas i för stora skaror med tanke på coronaviruset.
– Håll avståndet. Samlas inte i grupp. Vi står inför två allvarliga kriser, jodbävningen och epidemin, säger inrikesministern Davor Bozinović.