Polisen har inlett en brottsutredning och en person är frihetsberövad.
– Brottsmisstanken är vållande till annans död, säger polisens insatschef Anders Englund till Piteå-Tidningen.
Misstankarna gäller också sjöfylleri.
Larmet kom in till räddningstjänsten vid sjutiden på lördagsmorgonen. Den saknade mannen åkte på vattenskotern tillsammans med en annan man, som kunde ta sig in till land.
– När de gjorde en sväng hade de kastats av och båda började simma in till land, men bara en kom fram, säger Anders Wiksten, insatschef på räddningstjänsten, till TT.
En stor räddningsinsats har sökt efter mannen under dagen, men utan resultat. Bland annat har helikopter använts.
Vattenskotern har tagits i beslag för en teknisk undersökning.