Släckningsarbetet har pågått sedan måndagseftermiddagen men var på tisdagskvällen ännu inte färdigt.
Räddningstjänsten har beskrivit branden som "väldigt svårsläckt" och arbetet har försvårats av rasrisken – brandmännen kommer helt enkelt inte åt att släcka allt.
– Vi har gått ned lite i manskap. Vi har två stationer plus en ledningsbil på plats, säger Per Johansson, ledningsbefäl vid Räddningscentral mitt, vid 19-tiden på tisdagen.
Prognosen är att det kan ta flera dagar att släcka branden.
– De ska så sakteliga börja flytta balarna med papper och köra iväg dem till en annan plats, för det är så svårt att släcka med det på plats, säger Per Johansson.
"Väldigt kraftigt"
Larmet om branden i stadsdelen Boländerna kom vid 13.30-tiden på måndagen. Det brann då kraftigt i både byggnader och högar med returpapper.
Rökutvecklingen gjorde att ett viktigt meddelande till allmänheten (VMA) skickades ut. Boende i området uppmanades att hålla sig inomhus och stänga dörrar, fönster och ventilation, en varning som fortfarande gällde på tisdagsmorgonen.
Ett misslyckat försök att minska kraften i branden gjordes vid 23-tiden på måndagen.
– Vi försökte lyfta bort de balar som brann och som inte brunnit ännu med en kranbil, men det blev ett så kraftigt gnistregn att vi tvingades avsluta det, sade Kurt Holm, ledningsoperatör vid räddningstjänsten.
Det finns enligt polisen inga uppgifter att någon människa har skadats.
Spåren öppna
Returpapperscentralen ligger intill järnvägsspåren som går genom centrala Uppsala, och Trafikverket stängde initialt av all tågtrafik in och ut ur staden. De två spåren har sedan dess varit öppna i omgångar, och då främst det spår som är längst bort från branden.
Vid 19-tiden på tisdagen var båda spåren öppna och trafikerade, men ett av dem med begränsad hastighet. Tågtrafiken till och från Uppsala har sedan branden bröt ut drabbats av förseningar.
Polisen har spärrat av ett stort område runt branden och företag har evakuerat sina anställda. Någon spridningsrisk bedöms inte föreligga, men byggnaderna som har brunnit bedöms av räddningstjänsten som förlorade.
Polisen har upprättat en anmälan om mordbrand, eftersom brott inte kan uteslutas.