Olyckan vid en järnvägsövergång inträffade vid 15-tiden på torsdagen.
Det ledde först i ett stopp i tågtrafiken, men senare meddelade Trafikverket att tågen mellan Stockholm och Nyköping leds om via Katrineholm. Tågen kommer inte att stanna i Kolmården, Nyköping och Vagnhärad.
Ordinarie trafik beräknas vara i gång vid femtiden på fredagsmorgonen.
– Det blir förseningar, säger Beisi Sundin, presskommunikatör vid Trafikverket.
Stoppet får följdförseningar även på andra platser, enligt Sundin.
Olyckan utreds av polisen.
– Det har inletts en förundersökning om grov vårdslöshet i trafik, säger polisens presstalesperson Nadya Norton.
Personen i grävmaskinen, som var vaken och talbar, fördes till sjukhus med ambulanshelikopter. Det finns inga uppgifter om övriga personskador.
Det var ett Mälartåg som var inblandat i olyckan. Ett hundratal personer var ombord på tåget, som evakuerades,
Grävmaskinen ligger i ett dike vid sidan av tåget.