Flygplanet kraschade i havet vid 20-tiden på söndagen. Nedslagsplatsen beskrivs som norr om Arkösund.
– Det rör sig om ett litet propellerflygplan som vi via radar sett tappa mycket höjd. En person som larmade SOS hörde ett stort plask från vattnet, säger Sara Eriksson, presschef vid Sjöfartsverket.
Två personer befann sig ombord och bägge hittades senare döda vid vraket som ligger på havsbotten.
Flyg- och sjöräddningscentralen bekräftade vid midnatt för TT att de två ombordvarande har hittats och att kropparna har bärgats.
– Vi har hittat båda två som var ombord. Vid klockan 22.30 fick vi upp den sista, säger flygräddningsledare Christer Ekeroth.
Han berättar att planet "totalhavererat" och att det ligger på botten i delar.
Det är polisen som nu ansvarar för att identifiera de två omkomna.
– Identifieringen är inte klar och vi kan inte säga något än eftersom vi inte är säkra på något ännu, förutom att två kroppar har hittats, säger Kristoffer Axelsson, befäl vid polisen i region Öst, till TT strax efter midnatt.
Planet lyfte från en flygplats i Polen och ändrade av okänd anledning sin flygrutt.
– Planet gick från Polen och skulle till Dala-Järna, men ändrade sin destination till Skavsta, säger Karin Ellström, tjänsteman i beredskap vid Luftfartsverket.
Enligt Sjöfartsverket är planet av modellen Rallye, ett lättare propellerplan.