Kollisionen orsakades av att färjan fick ett strömbortfall på huvudmotorerna, strax före 18-tiden, lokal tid.
Omkring 200 passagerare som befann sig på färjan evakuerades. Färjan har plåtskador men inga människor ska ha skadats.
– Det finns ingen fara för fartyget eller något läckage men sedan vill vi veta varför vi tappar ström på huvudmotorerna så allt det här måste inspekteras innan vi går i trafik igen, säger Kenneth Gustavsson, försäljningsdirektör på Viking Line till TT.
Onsdagskvällens avgång ställdes in och passagerarna kommer att behöva övernatta i Helsingfors. Torsdagsmorgonens avgång från Stockholm till Helsingfors ställs också in, och berörda resenärer kommer att informeras om saken under kvällen, uppger Kenneth Gustavsson.
En av passagerarna, Ulla-Carin Karlsson, säger till Expressen att stämningen på båten är lugn men att det var en rejäl smäll.
– Kör rätt in i någonting så känner du hur det känns. Tvärstopp, säger hon till tidningen.
– Jag går omkring här, en del är förbannade för att de inte får åka hem.