Jordbruksdepartementet uppger att minkarna testades sedan de haft svårt att andas.
De tros ha blivit smittade av personal, men risken att djuren ska sprida smittan vidare anses vara "minimal" enligt departementet. Allmänhet uppmanas att hålla sig 400 meter från anläggningarna.
Enstaka fall av smittade djur, både i djurparker och bland husdjur, har rapporterats.
De två minkfarmerna ligger i provinsen Nordbrabant i södra delen av landet..
Nya minkfarmer förbjöds 2013 i Nederländerna, och existerande anläggningar ska stängas 2024. Minkuppfödningen är främst till för pälstillverkning.