Åkesson skriver på Facebook att utspelet från regeringen är "mycket, mycket bekymrande" och att regeringen "bör i varje läge otvetydigt stå upp för vår svenska yttrandefrihet."
Ulf Kristersson kommenterade demonstrationerna med att yttrandefrihet är en grundläggande del av demokratin, för att sedan fortsätta:
"Men det som är lagligt är inte nödvändigtvis lämpligt. Att bränna böcker som är heliga för många är en djupt respektlös handling. Jag vill uttrycka min sympati för alla muslimer som är kränkta av det som har hänt i Stockholm i dag."
Åkesson säger att han kommer att ta upp uttalandet med statsministern och meddela "hur jag och Sverigedemokraterna ser på den här typen av undfallenhet gentemot islamistiska krafter, i och utanför Sverige."
SD-ledaren kopplar uttalandet till Sveriges Natoansökan.
"Jag förstår att syftet är att gjuta olja på vågorna avseende relationen till Turkiet i ett för Sverige kritiskt skede. Men det finns en gräns för hur en regering bör uttrycka sig."