Mötet i Ankara mellan Tobias Billström och hans turkiske kollega Mevlüt Cavusoglu är planerat sedan tidigare och beskrivs som en "kontrollstation". Syftet är att stämma av hur det går att genomföra villkoren i det trilaterala avtalet.
Det blir Billströms första besök i Ankara.
– Besöket kommer att vara viktigt och betydelsefullt för den fortsatta kontakten mellan våra regeringar, säger Tobias Billström.
Han ska under besöket även besöka det turkiska parlamentet.
Kräver fler utlämningar
Mötet med Cavusoglu sker kort inpå Högsta domstolens besked att den turkiske exiljournalisten Bülent Kenes inte kommer att lämnas ut från Sverige.
En utlämning av journalisten, som av Turkiet klassas som "terrorist", är ett av flera krav som landet ställt för att godkänna en svenskt Natoansökan.
Den turkiske utrikesministern har kritiserat beslutet i hårda ordalag, och påpekat att landet kräver fler utlämningar, bland annat av personer med kopplingar till PKK.
– Det är naturligt att man från turkisk sida är engagerad i de här fallen, säger Tobias Billström.
– Vår uppfattning från den svenska regeringens sida är att vi också måste vara tydliga med hur det svenska systemet för att hantera de här ärendena ser ut.
"Väl medveten"
Billström vill inte spekulera om hur fallet inverkar på Natoprocessen, men understryker att den svenska regeringen inte kan styra över myndigheters och domstolars beslut.
– De (domstolar och myndigheter) är bundna av svensk och internationell lag, inklusive den europeiska utlämningskonventionen, som även Turkiet har undertecknat.
– Om frågan kommer upp ska man veta att den turkiska regeringen är väl informerad och väl medveten om hur de systemen fungerar.
Billströms viktigaste budskap i Ankara är istället att Sverige stärker sina insatser i kampen mot terrorism och PKK, bland annat genom ny lagstiftning.
– Både Nato och Turkiet kommer att kunna känna sig säkrare när Sverige och Finland blivit medlemmar.
"Gör allt vi kan"
I ett dokument från regeringskansliet, som DN publicerade förra veckan, framgår hur Sverige på olika sätt försökt gå Turkiet till mötes.
Den svenske chefsförhandlaren Oscar Stenström beskriver bland annat att svenska myndigheter numera ska ha större uppmärksamhet på ”PKK-relaterade säkerhetsproblem” när personer ansöker om uppehålls- och arbetstillstånd. Ett dussin individer uppges ha stoppats från att komma in i landet, och ett antal ska ha tvingats lämna.
Det betonas också att utlämningsärenden ska hanteras snabbt, och att fyra sådana beslut fattats "på bara några år".
– Jag tror att Turkiet framför allt är intresserat av att vi långsiktigt ser till att Sverige inte har personer på vårt territorium som ägnar sig åt terroraktiviteter riktade mot Turkiet. Och att vi gör allt vi kan via lagstiftning och ingripanden från polis och rättsväsende för att omöjliggöra detta, säger Tobias Billström.