Förhandlingar om målet pågår med Sveriges kommuner och regioner (SKR).
– Vi kommer att återkomma men det finns naturligtvis väldigt mycket som talar för att vi inte har gett alla två doser under första halvåret, säger Lena Hallengren på en presskonferens.
Hon säger att man tillsammans med SKR på bästa sätt försöker göra en prognos som är realistisk och ligger så nära verkligheten som möjligt. Men uppskjutna och inställda leveranser ställer till det.
Emma Spak, chef för hälso- och sjukvårdssektionen på organisationen, har tidigare sagt målet är en utmaning som kan behöva justeras.
– Det står tydligt i överenskommelsen att parterna vet att det är ett ambitiöst mål och att förutsättningarna kan ändras runt vaccinationsleveranserna och att man då kan behöva göra ändringar.
Även målet om att 80 procent av alla över 70 ska ha vaccinerats till den sista april kommer bli mycket svårt att nå, bedömer SKR.