Uppdraget går till Socialstyrelsen som ska öka kunskapen om sjukdomar som endometrios, klimakteriebesvär och migrän.
– Väldigt mycket av vården är baserad på forskning som är fokuserad på män, säger statsminister Ulf Kristersson (M).
Regeringen och SD är också överens om att stärka stödet för personer som utsatts för sexuellt våld. Frågan om ett nationellt kunskapscentrum i frågor som rör sexuellt våld ska utredas.
Därtill vill partierna öka IVO:s tillsyn för att stärka mödrahälsovården och förlossningsvården.
– Oavsett var du bor ska du ha rätt till den bästa vården, säger sjukvårdsminister Acko Ankarberg Johansson (KD).
Beslut om åtgärderna tas av regeringen på torsdag.