Främsta orsaken är brist på medlemmar som vill engagera sig, rapporterar SVT Nyheter Skåne.
– Vi har inte tagit beslut om att lägga ner partiet, bara att inte ställa upp i detta valet, säger partiets ordförande Johan Söderlin till SVT.
Partiet startades av Sven-Olle Olsson sedan han blivit utesluten ur Centerpartiet efter att ha varit drivande bakom att utlysa en folkomröstning om flyktingmottagande i Sjöbo 1988.
Sjöpartiet hade till en början mycket stora framgångar i kommunpolitiken – i valet 1994 fick partiet mer än var tredje röst. I förra valet fick partiet dock bara två mandat i kommunfullmäktige, vilket kan jämföras med Sverigedemokraternas 14 mandat.