"Alf Jönsson har verkat i drygt sju år under två mandatperioder med olika styren och har under den här tiden gjort ett gediget arbete. Nu går vi in i en ny mandatperiod och det är naturligt att vi ser över ledningen med de utmaningar vi har framför oss", säger han i ett pressmeddelande.
Jönsson säger i en kommentar att han tackar alla medarbetare och chefer.
"Det är människor som verkligen gör skillnad för skåningarna och jag är stolt att ha varit en del av Region Skåne och den otroliga utveckling som skett under de här innehållsrika åren", säger han.
Jönsson tog timeout i slutet av augusti efter att ha blivit kontaktad av polis. Regionen uppgav då att han inte delgivits någon misstanke men skulle förhöras.
Jönssons namn har förekommit i samband med SVT Nyheter Skånes granskning av en middag som företaget Vårdinnovation bjöd på i samband med en upphandling av ett digitalt vårdverktyg. I våras dömdes tre personer till fängelse för mutbrott som begåtts i samband med upphandlingen.
Enligt Region Skåne har utredningen ingenting att göra med att Jönsson får sluta.
"Det har inte kommit fram någon ny information om den polisutredning som aktualiserat time-out för Alf Jönsson och det har inte heller legat till grund för beslutet", skriver regionen i pressmeddelandet på onsdagen.