Wikström engagerade sig tidigt i Folkpartiets ungdomsförbund och valdes 1964 in i partistyrelsen. Sex år senare blev han riksdagsledamot och därefter utbildningsminister med ansvar även för kultur i Torbjörn Fälldins och Ola UIlstens regeringar.
Efter regeringsskiftet 1982 ingick Wikström i partiledningen och var en kortare tid ordförande i riksdagsgruppen.
Wikström blev därefter ordförande i styrelsen för Sveriges riksradio 1985 och landshövding i Uppsala län 1992–97.
Jan-Erik Wikström blev 91 år.