Gruppen hade också med sig en docka som skulle föreställa den turkiske presidenten Recep Tayyip Erdogan, hållandes en prideflagga.
Turkiska UD skriver, i ett uttalande på sin hemsida som Ekot rapporterat om, att departementet fördömer att en "PKK-lierad" grupp åter tilläts propagera med en terroristorganisations symboler och att, med dockan, på ett "avskyvärt" sätt rikta sig mot president Erdogan.
Departementet passar i uttalandet på att påminna om åtaganden som Sverige har gjort avseende PKK och organisationer med kopplingar till PKK för att "förhindra" deras aktiviteter.
TT har bett om en kommentar från UD i Sverige, men utrikesministern Tobias Billströms (M) pressekreterare Zebulon Carlander meddelar att UD avböjer att uttala sig.
Stockholm Prides vice ordförande Michal Budryk säger till Sveriges Radio Ekot att manifestationen inte passar in i paradens tema.
– Vi tycker inte att det budskap som de här personerna försökte framföra på paraden hör till Stockholm Pride, säger han, men påtalar att Sverige är ett fritt land och att alla har rätt att ansluta sig till tåget.
– Så länge det inte finns något lagstöd och människor bryter mot ordningsregler har vi ingen möjlighet att avlägsna personerna.