"UD kommer att kalla upp den ryske ambassadören för att tydligt markera emot detta uppenbara påverkansförsök", säger Billström i ett skriftligt uttalande.
Utrikesministern tillägger att Sveriges säkerhetspolitik bestäms av Sverige och ingen annan.
På tisdagen skrev den ryska ambassaden på sin hemsida att Sverige blir "ett legitimt mål för Rysslands vedergällningsåtgärder, inklusive sådana av militär karaktär" om landet ansluter till Nato.
Varnar för avgrunden
Ambassadör Viktor Tatarintsev varnar Sverige för att gå med i försvarsalliansen.
"Det är tydligt att svenska politiker "förtrollade" av Washington medvetet störtar ner sitt folk i Natos avgrund", skriver han.
Experter har tidigare varnat för att Ryssland kan komma att trappa upp hot och påverkan mot Sverige, efter det att Sveriges och Finlands Natoprocesser splittrats upp.
Rysslandsforskaren Carolina Vendil Pallin vid FOI konstaterar att det är första gången på länge som ambassaden väljer att uttala sig i frågan.
– Det är i linje med vad som sker i det ryska samhället. Det räcker inte att bara hålla tyst, man måste aktivt stödja den ryska linjen och Rysslands krig i Ukraina, säger hon.
Kan ha beordrats
Ambassaden kan ha fått instruktioner från högre ort om att försöka samla mer stöd, bedömer hon.
TT: Är det här något vi kommer att få se mer av?
– Det beror på reaktionen. Nu får de ju väldigt mycket uppmärksamhet för det här så det kanske de tycker är bra, säger Carolina Vendil Pallin.