Pajala får en sanktionsavgift på nästan 1,8 miljoner kronor. För Sorsele är beloppet 2 miljoner konor och för Strömsund 1,5 miljoner kronor.
I samtliga fall handlar det om bristande tillämpning av säkerhetsskyddslagen.
– Det kan leda till sårbarheter som i sin tur kan riskera rikets säkerhet, säger Karin Börjesson, avdelningschef på länsstyrelsen i Norrbotten, till SVT.
För två år sedan fick länsstyrelsen i Norrbotten i uppdrag att granska hur lagen efterlevdes i Västerbottens, Norrbottens, Västernorrlands och Jämtlands län.
Säkerhetsskyddslagen reglerar bland annat anmälningar av säkerhetskänslig verksamhet och när säkerhetsprövningar ska genomföras. Vilka bristerna är i Sorsele och Strömsund är okänt eftersom handlingarna omfattas av sekretess.
Men Pajala uppger i ett pressmeddelande att det handlar om rent administrativa missar:
"Anledningen till att Pajala kommun tilldelats avgiften beror på dokumentation som inte inkommit i utsatt tid. Att det kan leda till allvarliga konsekvenser för Sveriges säkerhet är en tolkning som media valt att göra."
Samtliga kommuner ska överklaga sanktionsavgifterna.
– Det är så klart ett avsevärt stort belopp för en liten kommun som Sorsele, säger tillförordnade kommunchefen Marie Strinnholm till SVT.