Myndighetens generaldirektör Lena Nyberg ser allvarligt på utvecklingen.
"Att utsättas för hot och hat är alltid en kränkande och obehaglig upplevelse för individen men när det leder till verksamhet som inte utförs eller åsikter som inte uttrycks riskerar det att urholka demokratin", säger hon i ett pressmeddelande.
Rapporten bygger på MUCF:s årliga enkät för att följa upp civilsamhällets villkor. I år ställdes för första gången frågor om hot och hat.
Enkäten besvarades av 1 456 föreningar. Nio av tio uppger att de inte utsatts för hot och hat.
Särskilt utsatta
Men bland opinionsbildande föreningar uppger nästan var femte att de, eller dess medlemmar, blivit utsatta det senaste året.
Värst är det för är politiska föreningar och fackföreningar.
Vidare utsätts föreningar som riktar sig till hbtq-personer, kvinnor och invandrare i större utsträckning än föreningar med andra målgrupper.
Ungefär en av fyra av de föreningar som utsatts svarar att de avstått från att bedriva viss verksamhet eller uttrycka en åsikt av rädsla.
Vad gäller förekomsten av självcensur är mönstret att ju mer utsatt en förening är, desto mer tenderar dess röster att tystna.
"Farlig utveckling"
Även kulturminister Amanda Lind reagerar alltså på rapporten.
– Vi har vetat om att det är en relativt hög förekomst av hot och hat mot olika människor som utövar det fria ordet, säger hon och fortsätter:
– Det är väldigt oroväckande att så många uppger att de har begränsat eller anpassat vad de väljer att säga eller göra för att undvika att bli utsatt. Självcensur är en farlig utveckling för vårt samhälle.
Nyligen fick MUCF i uppdrag av staten att kartlägga omfattning och konsekvenser av trakasserier, hot och våld riktat mot civilsamhället. Uppdraget ska redovisas senast den 31 mars nästa år.
– Det behövs mer kunskap om hot och hat som riktas mot det civila samhället. Dels för att få en överblick av omfattningen, dels för att få en grund att bygga framtida insatser på, säger Amanda Lind (MP).