I linje med tidigare demonstrationer brände han koraner.
Utanför moskén i Uppsala uppstod en tumultartad situation då personer mötte upp som hade följt Paludan på sociala medier och visste att han skulle komma, säger polisen.
Enligt polisen blev Paludans bil vandaliserad innan den kördes därifrån och situationen lugnade sig.
Tidigare under söndagen genomförde Paludan liknande aktioner på flera platser i Stockholm, vid sidan av de pågående förstamajtågen. Stockholmspolisen säger att det gick lugnt till.
Paludan, som också har svenskt medborgarskap, nekades tidigare i veckan att få genomföra demonstrationer i Stockholm och Uppsala. Söndagens aktioner räknas inte som allmänna sammankomster, säger polisen, och skyddas av den vanliga demonstrationsfriheten.
Under påskhelgen blev det upplopp på flera platser i Sverige, till följd av Paludans koranbränningar.