Därmed går det att skriva ut recept och leverera läkemedel som vanligt igen.
"Vi beklagar det inträffade och de problem det kan ha medfört för apotekskunder och medarbetare på apoteken och i hälso- och sjukvården", skriver myndigheten på sin hemsida.
Störningarna, som pågick från lunchtid till 15-tiden på tisdagen, orsakades av ett fel i datasystemen som hanterar recepten.