"Det är det enda rätta att avgå som ordförande nu", säger Nilsen i ett pressmeddelande från förbundet, och menar att han bland annat gör det av respekt för schackförbundet.
Detta sker efter några turbulenta dagar med fuskavslöjanden i schackvärlden. På onsdagen publicerade världens största schacksajt, Chess.com, att schackspelaren Hans Niemann troligtvis har fuskat i fler än 100 schackpartier på nätet.
Dagen därpå kom Nilsens avslöjande. Han erkände fusk under tiden han spelade i norska laget "Norway Gnomes" under säsongen 2016/17.
Norska schackförbundets styrelse stöttar Nilsens beslut att lämna ordförandeposten.
"Han tar ansvar för sina handlingar och sätter schackfamiljens bästa framför sig själv", skriver schackförbundet.
Tills vidare tar vice ordförande Anniken Vestby över som ordförande.