Lars Arrhenius, DO, skriver i kallelsen att myndigheten under en lång tid har fått in anmälningar om "judars och muslimers upplevelser av diskriminering i skolan".
I anmälningarna beskrivs hur elever utsätter andra elever för trakasserier och att skolor inte vidtar tillräckliga åtgärder för att det ska upphöra.
"På senare tid har DO tagit del av uppgifter från elever och vårdnadshavare men även genom media om hur elever, som en effekt av konflikten mellan Israel och Hamas, i än större utsträckning är utsatta", skriver DO.
Mötet ska äga rum den 15 december.