De två svenska män som åtalas arbetade med den dokumentär i vilken det framkommit att det finns ett tidigare okänt hål i skrovet på Estonia.
"Svenska myndigheter måste omedelbart avskriva alla brottsmisstankar mot dokumentärfilmskaparna", säger Gunoza Said, CPJ:s programkoordinator för Europa och Centralasien, i ett pressmeddelande, och fortsätter:
"De två journalisternas utredning hade som mål att belysa orsaken till olyckan och ta fram nya bevis. De agerade för allmänhetens rätt till information. Journalister får inte åtalas för att ha gjort sitt jobb."
Lagen om skydd för gravfriden vid passagerarfartyget Estonia instiftades 1995 mellan Finland, Sverige och Estland, för att hindra plundring av vraket.
Tidigare har Svenska Journalistförbundet, liksom en rad andra Europeiska journalistorganisationer, kritiserat åtalet.