De högre bakteriehalterna upptäcktes vid en rutinmätning, rapporterar Hufvudstadsbladet. Silja Serenade trafikerar rutten Stockholm-Helsingfors.
Avgångarna som ställts in gäller den 12–13 november. En "klorchockbehandling" av vattensystemet kommer att göras för att eliminera bakterierna, skriver rederiet på sin hemsida.
Hytter med de högre gränsvärdena har stängts av och temperaturen på varmvattnet har också höjts.
Ingen passagerare har hittills insjuknat, enligt rederiet. Passagerare som rest med Silja Serenade uppmanas dock att vara uppmärksamma och kontakta läkare vid eventuella legionellasymptom.
Legionella sprids via inandning av små vattenpartiklar i luften. Till symptomen hör torrhosta, feber, huvudvärk, muskelsmärtor och andnöd.
"Kunder vars resor berörs av avbokningarna, kommer att kontaktas av och erbjudas alternativa lösningar", skriver Tallink Silja.
Tisdagen den 14 november väntas färjan trafikera rutten som vanligt.