Problem ska under morgonen ha lösts, uppger Trafikverket, men svallvågor kvarstår.
– Förseningarna får vi leva med ett tag. Hur snabbt det går att komma i kapp med tågtrafiken varierar mellan olika sträckor, säger Katarina Wolffram vid Trafikverkets pressjour.
Det ska ha rört sig om störningar i flera system som trafikledningen använder sig av, men Trafikverket kan inte uppge någon anledning till felen.
I samband med störningarna blev det också fel i skyltningen på stationerna och resenärer uppmanades till vaksamhet för att inte riskera att kliva på fel tåg. Men rätt destinationer ska nu visas sedan felen avhjälpts.
När det gäller Stockholm uppger SL att förseningar upp mot 30 minuter och inställda tåg förekommer i hela pendeltågsnätet.