Det är en minskning med 4,1 procentenheter jämfört med samma månad i fjol.
Totalt nådde 71 355 av 81 503 persontåg sin slutstation i rätt tid i september.
Urspårningen på Arlandabanan i maj och kvardröjande effekter från skyfall och översvämningar i augusti har enligt Trafikverket fortsatt ge inställda avgångar och hastighetsnedsättningar.
"Vi har haft vår beskärda del av extrema vädersituationer under året, och det påverkar så klart både det planerade och det mer akuta underhållsarbetet", säger trafikchefen Anna Ericsson på Trafikverkets hemsida.
"Under september har vi haft ett stort antal arbeten igång ute i spåren vilket får en påverkan då trafik måste ledas om eller samsas på ett spår."
Obehöriga personer på spåren är också ett stort problem, enligt Trafikverket. I september ledde det till att runt 1 000 persontåg försenades.
"Spåren är för tågen, och ingenting annat. Ta alltid det säkra före det osäkra, respektera bommar och varningssignaler och korsa bara spåren vid godkända övergångar", säger Anna Ericsson.