Flaggorna vajade bland annat på Götaplatsen och utanför stadshuset vid Gustaf Adolfs torg.
Organisationen Rojava-kommittéerna har tagit på sig ansvaret.
– Det här en aktion för vår yttrandefrihet, säger Niklas Karlsson i Rojava-kommittéerna till P4 Göteborg.
Organisationen är kritisk till regeringens förslag om att kriminalisera deltagande i terrororganisationer. Kurdiska PKK räknas som en sådan, enligt EU.
Martin Östberg känner inte till att stadens flaggstänger använts olovligt tidigare.
– Man behöver ju ett verktyg för att hantera flaggstängerna, så det kräver en viss förberedelse, säger Östberg till Göteborgs-Posten.
Rojava-kommittéerna låg också bakom aktionen då en docka föreställande Turkiets president Erdogan hängdes upp utanför Stockholms stadshus, vilket ledde till skarpa protester från Turkiet.
Turkiet har ställt krav på Sverige som villkor för att godkänna Sveriges Nato-ansökan.